中國科學(xué)院海洋研究所研究員相建海和李富花課題研究組主導(dǎo)，與國內(nèi)外多家單位共同合作，歷時十年成功破譯了凡納濱對蝦基因組，獲得了世界上首個高質(zhì)量的對蝦基因組參考圖譜，研究成果1月21日在《自然·通訊》在線發(fā)表，為甲殼動物研究及對蝦基因組育種和分子改良提供了重要理論支撐。
甲殼動物和昆蟲是節(jié)肢動物門中的兩大門類，已有超過6萬種甲殼動物被報道。十足目甲殼動物囊括了大量重要的水產(chǎn)經(jīng)濟物種，如蝦、蟹、龍蝦等，而凡納濱對蝦作為四大養(yǎng)殖蝦類之首，其年產(chǎn)量達416萬噸，具有非常重要的經(jīng)濟價值。然而，由于種質(zhì)資源匱乏，我國對蝦養(yǎng)殖單位每年需從國外引進大量親蝦。我國自主的對蝦分子遺傳育種工作迫在眉睫，但是受限于沒有良好的參考基因組，其進展一直相對緩慢。
對蝦基因組是世界上公認的高復(fù)雜基因組，阻礙了多個國際科研機構(gòu)的研究步伐。在該研究中，科研人員嘗試了從一代到三代的各種測序平臺以及各種組裝軟件，最終完成了凡納濱對蝦的全基因組denovo測序和組裝，獲得的參考圖譜ScaffoldN50達到606Kb。通過分析發(fā)現(xiàn)，以1-6堿基為單位多次重復(fù)的簡單串聯(lián)序列(SSR)占對蝦基因組的23.93%以上，是目前已測基因組物種中含量最高的，這也是對蝦基因組高復(fù)雜性的根本原因，并推測SSR的爆發(fā)與對蝦祖先適應(yīng)性進化過程有關(guān)。在對蝦基因組上還發(fā)現(xiàn)了兩大結(jié)構(gòu)特征：大量的物種特異性基因和大量的串聯(lián)重復(fù)基因，可能與對蝦科的特異性進化有密切聯(lián)系。
據(jù)介紹，本研究還對22個野生和養(yǎng)殖的凡納濱對蝦個體進行了重測序，獲得了大量的SNP分子標記，為對蝦的遺傳育種工作提供了寶貴的資源。(記者王建高)
