近日，海洋動(dòng)物生殖與遺傳工程課題組利用高通量測(cè)序技術(shù)，對(duì)凡納濱對(duì)蝦的基因組進(jìn)行了基因組探查（Survey）分析，并在此基礎(chǔ)上成功構(gòu)建全球標(biāo)記密度最高的對(duì)蝦遺傳連鎖圖譜。
基因組探查（Survey）分析結(jié)果顯示，凡納濱對(duì)蝦基因組中重復(fù)序列和雜合度比例均很高，其高復(fù)雜度使得國(guó)際上早已開(kāi)始的全基因組測(cè)序與組裝的努力久拖不決，被認(rèn)為是目前已完成或正在測(cè)序物種中難度很大的種類之一。
在基因組探查的基礎(chǔ)上，研究團(tuán)隊(duì)對(duì)一個(gè)人工選育的全同胞家系的父母本和205個(gè)子代進(jìn)行高通量測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建和簡(jiǎn)化基因組測(cè)序。最終構(gòu)建的圖譜包含44個(gè)連鎖群，與凡納濱對(duì)蝦單倍體染色體數(shù)目一致，整合圖譜中含有標(biāo)記6,146個(gè)，總圖距4,271.43 cM，標(biāo)記間平均圖距0.7 cM。同時(shí)，該團(tuán)隊(duì)還利用該圖譜成功定位了11個(gè)體長(zhǎng)相關(guān)和7個(gè)體重相關(guān)的QTL，為推動(dòng)凡納濱對(duì)蝦的分子標(biāo)記輔助選育研究和全基因組選擇育種研究提供了重要的資源。
凡納濱對(duì)蝦是我國(guó)也是世界養(yǎng)殖產(chǎn)量最高的對(duì)蝦，還是世界單一種類產(chǎn)值最高的水產(chǎn)養(yǎng)殖對(duì)象，培育高產(chǎn)抗逆的對(duì)蝦新品種對(duì)于推動(dòng)對(duì)蝦養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展具有重要意義。高密度遺傳連鎖圖譜可以定位重要經(jīng)濟(jì)性狀的的QTL位點(diǎn)，利用獲得的生長(zhǎng)相關(guān)的分子標(biāo)記輔助經(jīng)典選育，能夠顯著加快對(duì)蝦新品種的培育過(guò)程。
目前，該研究團(tuán)隊(duì)正采取多種策略進(jìn)行凡納濱對(duì)蝦全基因組序列的測(cè)定和組裝工作。利用基因組Survey組裝的基因組序列數(shù)據(jù)和BAC末端測(cè)序數(shù)據(jù)，已完成遺傳圖譜、基因組組裝scaffold以及BAC克隆的初步整合，為后續(xù)的全基因組序列組裝和重要基因的定位打下了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。
相關(guān)研究成果近期發(fā)表在Scientific Reports上（http://www.nature.com/articles/srep15612），海洋所博士后于洋和張曉軍研究員為該文章的共同第一作者。
凡納濱對(duì)蝦高密度遺傳連鎖圖譜（整合圖譜）
凡納濱對(duì)蝦遺傳連鎖圖譜（LG1）與基因組scaffold和BAC克隆的整合
