近日，中國(guó)科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所生物分離分析新材料與新技術(shù)研究組研究員葉明亮團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一款具有高靈敏度的N-糖肽質(zhì)譜譜圖解析新軟件——Glyco-Decipher。該軟件可實(shí)現(xiàn)在解析譜圖的過(guò)程中不依賴糖庫(kù)，利用不同糖肽的同一肽段骨架具有相似碎裂規(guī)律的特點(diǎn)，發(fā)展出基于“模式識(shí)別”的肽段序列鑒定新方法，實(shí)現(xiàn)譜圖拓展，從而提高完整糖肽的鑒定靈敏度，并且可發(fā)現(xiàn)未知的糖鏈及糖鏈修飾。Glyco-Decipher為深度解析位點(diǎn)特異性糖型，揭示糖基化修飾的微觀不均一性，以及研究糖生物學(xué)功能等提供了新工具。
蛋白質(zhì)糖基化與疾病的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)，臨床上使用的大多數(shù)腫瘤標(biāo)志物是糖基化蛋白質(zhì)。在組學(xué)層次上進(jìn)行位點(diǎn)特異性糖型的分析對(duì)發(fā)現(xiàn)新型疾病標(biāo)志物，提高基于蛋白質(zhì)糖基化的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究水平等具有重要作用。
利用Glyco-Decipher對(duì)Prosaposin蛋白的位點(diǎn)特異性糖型進(jìn)行深度解析
N-糖肽質(zhì)譜譜圖高度復(fù)雜，譜圖解析率低，且常規(guī)N-糖肽解析軟件依賴糖庫(kù)，無(wú)法實(shí)現(xiàn)未知糖鏈及修飾糖的鑒定。為解決上述問(wèn)題，本工作開(kāi)發(fā)了非糖庫(kù)依賴的肽段序列鑒定方法，實(shí)現(xiàn)了未知糖鏈肽段及其上可能帶有的修飾基團(tuán)的鑒定。為解決N-糖肽質(zhì)譜譜圖解析率低的問(wèn)題，團(tuán)隊(duì)系統(tǒng)研究了糖肽的碎裂規(guī)律，發(fā)現(xiàn)糖鏈的種類、組成、母離子價(jià)態(tài)等對(duì)肽段骨架的碎裂模式?jīng)]有顯著的影響，建立了肽段序列相同的完整糖肽譜圖之間的聯(lián)系，發(fā)展了基于“模式識(shí)別”的肽段序列鑒定策略，實(shí)現(xiàn)了完整糖肽的譜圖拓展，在原有基礎(chǔ)上將完整糖肽的解析率提升了31%。
本工作還以蛋白Prosaposin為例，展示了蛋白Prosaposin在老鼠的五個(gè)不同的組織中糖基化差異，進(jìn)一步揭示了該蛋白上各個(gè)位點(diǎn)特異性糖型的豐度分布，展示了Glyco-Decipher在蛋白糖基化分析領(lǐng)域的應(yīng)用潛力。通過(guò)對(duì)同一個(gè)N-糖肽質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比分析，發(fā)現(xiàn)Glyco-Decipher的譜圖解析效率比其它軟件提升了34-179%。該軟件具有友好的用戶界面和較好的定量比較功能，學(xué)術(shù)界可以免費(fèi)使用（軟件可從github下載）。
葉明亮團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期致力于位點(diǎn)特異性糖型分析方法的發(fā)展，包括糖肽的富集方法和譜圖的解析方法：在O-GlcNAc糖肽的富集方面發(fā)展了酶促標(biāo)記結(jié)合化學(xué)氧化法（Anal. Chem.，2021）、可逆酶促化學(xué)標(biāo)記法(Angew. Chem. Int. Edit.，2022)等方法；在O-GalNac糖肽的富集方面發(fā)展了酶解輔助的親水作用色譜法（Anal. Chem.，2017）、酶化學(xué)方法（Anal. Chem.，2018）、Ti-IMAC富集方法(Anal. Chem.，2021)等；在N糖肽的富集方面發(fā)展了適合大樣本分析的自動(dòng)化富集方法（Anal. Chem.，2021）；在O-GalNac糖肽的譜圖解析方面，發(fā)展了O-search檢索策略（Anal. Chem.， 2019），有效地減小了檢索空間，提高了鑒定靈敏度。最近，上述檢索策略被集成于一款具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的譜圖檢索軟件——MS-Decipher（Bioinformatics，2022）中。
相關(guān)研究成果以“Glyco-Decipher Enables Glycan Database-independent Peptide Matching and in-depth Characterization of Site-specific N-glycosylation”為題，于近日發(fā)表在《自然-通訊》（Nature Communications）上。該工作的共同第一作者是1809組博士研究生方正和秦洪強(qiáng)研究員。上述工作得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、大連化物所創(chuàng)新基金等項(xiàng)目的支持。
