近日，中國科學(xué)院海洋研究所在銀鯧基因組學(xué)研究方面取得新進展，首次發(fā)布了我國重要名貴經(jīng)濟魚類——銀鯧的高質(zhì)量染色體水平參考基因組，相關(guān)研究成果以題為“Chromosome-level genome assembly of the silver pomfret (Pampus argenteus)”在Nature子刊《Scientific Data》（Q1，IF5year=10.8）在線發(fā)表。
銀鯧（Pampus argenteus）隸屬鯧亞目（Stromateoidei）、鯧科（Stromateidae）、鯧屬（Pampus），廣泛分布于西北太平洋近岸海域，從我國南海北部至日本、韓國和俄羅斯沿海均有分布。銀鯧肉質(zhì)細膩，油脂豐富，是我國重要漁業(yè)經(jīng)濟魚類，具有極高的經(jīng)濟價值。銀鯧的供應(yīng)高度依賴于漁業(yè)捕撈，自上世紀80年代起，我國海洋捕撈強度不斷增大，近些年以銀鯧為主的鯧屬魚類年捕撈量已超過30萬噸，導(dǎo)致銀鯧面臨野生資源極具衰退的風(fēng)險。目前，我國銀鯧人工繁育與養(yǎng)殖技術(shù)取得突破性進展，對銀鯧野生資源保護和恢復(fù)具有重要意義。然而，銀鯧對環(huán)境變化極為敏感，在運輸和養(yǎng)殖過程中容易發(fā)生應(yīng)激死亡，制約了銀鯧養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。此外，銀鯧形態(tài)特化，身體極為側(cè)扁，無腹鰭，食道前部具有特殊的食道側(cè)囊結(jié)構(gòu)，為鯧亞目特有的關(guān)鍵演化特征，是銀鯧適應(yīng)捕食小型甲殼動物和水母的重要性狀。
此前，海洋研究所劉靜研究團隊基于鯧屬全球線粒體基因組數(shù)據(jù)以及形態(tài)和分布特征，首次明確了世界鯧屬物種多樣性和地理分布格局形成與演化歷程。研究結(jié)果表明，目前，世界鯧屬存在7個有效物種，即：銀鯧P. argenteus、中國鯧P. chinensis、灰鯧P. cinereus、劉氏鯧P. liuorum、珍鯧P. minor、翎鯧P. punctatissimus和素鯧P. candidus；而過去文獻中報道的鐮鯧P. Echinogaster則為銀鯧的同物異名。
在以前研究基礎(chǔ)上，研究團隊綜合采用Illumina、PacBio CCS以及Hi-C測序技術(shù)對銀鯧基因組進行了深度測序和組裝，在國際上首次獲得了銀鯧的高質(zhì)量染色體水平參考基因組，得到銀鯧24條染色體單體序列，精確揭示了銀鯧基因組大小為518.06 Mb，組裝完成的基因組Contig N50長度達20.47 Mb，Scaffold N50長度達22.86 Mb，基因組完整度極高，達到染色體水平級別。重復(fù)序列占基因組的13.45%，獲得了24,696個蛋白編碼基因，BUSCO評估值高達98.90%。該研究成果為深入解析銀鯧食道側(cè)囊和腹鰭缺失性狀演化、種質(zhì)遺傳資源評估、抗逆品種選育及銀鯧漁業(yè)資源可持續(xù)利用等研究提供高質(zhì)量參考基因組基礎(chǔ)。
中國科學(xué)院海洋研究所為論文第一完成單位，分類室韋杰鴻博士生和開放室肖永雙副研究員為論文第一作者，劉靜研究員和徐奎棟研究員為論文通訊作者。本研究得到國家自然科學(xué)基金項目和中國科學(xué)院B類戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項資助。
論文目錄：
Jiehong Wei#, Yongshuang Xiao#, Jing Liu*, Angel Herrera-Ulloa, Kar-Hoe Loh, Kuidong Xu*. Chromosome-level genome assembly of the silver pomfret (Pampus argenteus). Scientific Data, 2024, 11: 234. https://doi.org/10.1038/s41597-024-03070-0.
Jiehong Wei#, Renxie Wu, Laith A. Jawad, Yongshuang Xiao, Kar-Hoe Loh, Angel Herrera-Ulloa, Yajun Wang, Jing Liu*, Kuidong Xu*. Species diversity and distribution of genus Pampus (Pelagiaria: Stromateidae) based on global mitochondrial data. Frontiers in Marine Science, 2022, 9: 1050386. https://doi.org/10.3389/fmars.2022.1050386.
論文鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41597-024-03070-0
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmars.2022.1050386/full
7個有效鯧屬物種的全球分布
銀鯧染色體水平基因組特征
